Wieś wzmiankowana w dokumentach z roku 1354, jako wieś ziemiańska na 15 włókach. Pierwotna nazwa Bauditten prawdopodobniej wywodzi się od imienia Prusa – Baudie . W roku 1782 we wsi odnotowano 19 domów, natomiast w 1858 w 14 gospodarstwach domowych było 213 mieszkańców. W latach 1937-39 było 548 mieszkańców. W roku 1973 jako majątek i stacja PKP Budwity należały do powiatu morąskiego, gmina Małdyty, poczta Połowite.

Istniejący we wsi obiekt dworcowy o charakterystycznej sylwetce, nawiązującej do eleganckiej architektury parkowej, powstał jako cesarski dworzec powitalny dla polującego w tych okolicach Wilhelma II w 1893.